农业资源环境学科始建于1948年，1986年获批硕士学位授权点，2000年获批博士学位授权点，2009年获批博士后科研流动站。学位点现有教师50人，其中教授18人，副教授13 人，博士生指导教师13人。拥有农业资源与环境国家级实验教学示范中心、秸秆综合利用与黑土地保护教育部重点实验室、农业农村部盐碱土改良与利用（东北内陆盐碱地）重点实验室、吉林省商品粮基地土壤资源可持续利用重点实验室等 6 个国家及省部级科研平台。自2001年以来，已培养博士研究 90 余名、硕士研究生 720 余名。学科为吉林省“十二五”优势特色重点学科和“十三五”优势特色学科 A 类，是支撑我校植物学与动物学学科、农业科学学科、化学学科进入 ESI 全球前 1%的主要学科。学科所依托的农业资源与环境专业 2019 年获批国家级一流本科专业建设点，2020 年获批国家级一流课程 1 门。学科瞄准农业资源可持续利用与生态环境保护领域的国家重大需求和国际学术前沿，以黑土地保护与肥力提升、农田水肥资源精准管理与高效利用、农业生态环境的可持续绿色发展为主要目标，开展科学研究、人才培养和社会服务。通过长期积淀和交叉融合，逐步形成土壤学、植物营养学、农业环境保护、水土资源保护与利用 4 个主要研究方向。在黑土地退化机理与防治技术、松嫩平原盐碱土改良与利用、土壤有机质理论与培肥技术、植物营养调控及精准施肥技术等领域取得一系列创新性成果。
环境科学与工程学科是在1986年授权的二级硕士点基础上发展起来的，2010 年被授予环境科学与工程一级硕士授权学科，现有教师 20 人，其中教授 6 人，副教授 6 人，讲师 8 人，具有博士学位 18 人。学科面向行业和区域环境保护的重大需求，针对农业生产的“产前、产中和产后”环境问题，融入了地学、化学、农学和生命科学等学科的理论和方法，致力于培养可服务农业和农村环境保护的环境科学与工程高水平研究生，为区域生态环境保护、生态文明建设、“乡村振兴战略”实施和黑土地保护等提供有力的技术支撑和人才储备。本学科以环境科学与工程的学科内涵为基础，围绕黑土地环境保护、盐碱地改良和生态恢复、废弃物资源化利用、水污染治理、新型环境功能材料研发等需要，开展了大量的理论研究和技术研发与示范推广工作。初步形成了以农业面源和重金属污染防控与修复、农业环境风险与安全、农林废弃物资源化利用、水气污染控制新材料研发为主的特色鲜明的 4 个学科方向。构建了农业面源污染控制、农业产地环境修复、重金属污染土壤防治修复与安全生产、新型环保材料研发等具有鲜明学科特色的技术体系，取得了一批具有自主知识产权的科研成果，充实了区域农业环境污染治理与修复的理论和技术体系。
化学学科是在2003年授权的应用化学二级学科基础上逐步发展起来的，于2019年动态调整为化学硕士学位授权一级学科。本学科拥有吉林省基础化学实验教学示范中心、吉林省优秀教学团队，2023年化学学科进入 ESI 全球前 1%。目前已形成了一支由32人组成的教育和学科背景深厚、研究生指导经验丰富的高素质师资队伍，现有博士生导师1人，硕士生导师21人，其中教授5人，副教授12人，26人具有博士学位。近年来学科成员主持科研项目60多项，总经费700多万元，其中国家自然科学基金5项；发表学术论文160多篇，其中，SCI论文100多篇。多项科研成果得到了推广应用，这些研究成果对于促进化学与农业的结合，提高农业生产和农产品的品质等具有重要的意义。本学科既有基础理论研究，又有应用研究，且注重与其他学科的渗透融合，目前有5个稳定的、具有鲜明特色且对国民经济发展有重要意义的研究方向，分别为：表面化学、农产品化学及综合利用、天然产物化学、精细化学品化学和功能材料化学。
